2006年是“十一五”的开局年，也是全面落实《中共中央关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》和《中共中央国务院关于实施科技规划纲要、增强自主创新能力的决定》的关键的一年，推进天津滨海新区开发开放重要的一年。南开大学在“十五”取得快速发展的基础上，继续坚持“突出自身特色、打造科研精品、自主科技创新”的原则，努力服务于创新型城市建设，服务于天津的建设与发展。
　　一、面向海内外聚集人才，打造高层次人才平台
　　南开大学于1919年在中国近代北方重要的工商口岸与工业基地——天津创建，至今已有88年的历史。面向海外广揽英才是南开大学一贯的办学传统。我校自2006年10月起面向海内外公开招聘14位学院院长和1位系主任，以及22位学院专任教师。到目前已有近百人报名应聘，绝大多数都具有国际一流大学的教育背景，博士学位，其中有近40位属于高端人才。人才队伍，尤其是师资队伍建设是一项长期、艰巨而细致的工作。近十年来，我校在人才竞争十分激烈的环境中，基本上完成了教师队伍新老交替的工作，为下一步的南开大学发展奠定了坚实的基础，同时，也为天津的腾飞与大发展提供了可靠的高端人才资源。
　　目前，在南开大学近1700名教师中，已有两院院士8人、第三世界科学院院士4人、长江学者特聘教授18人 、长江学者特聘讲座教授7人 、国家杰出青年基金获得者25人 、国家百千万人才工程、新世纪百千万人才工程国家级人选17人、教育部新世纪优秀人才支持计划60人 、全国“杰出专业技术人才”1人。
　　同时，对于那些已表现出有突出才能、成长迅速的青年教师，还给予特别支持，为他们创造条件，支持以他们为核心组建创新团队在教学科研上做出具有原创性的成果。经过几年的努力，我校已有2个团队获得国家自然科学基金委员会“优秀创新群体”基金支持，3个团队入选教育部首批“长江学者和创新团队发展计划”。
　　二、主动调整学科结构，积极适应滨海新区的建设需要
　　南开大学学科建设的一条重要原则就是要立足天津经济社会的大发展，尤其是立足滨海新区的开发开放来思考自身的学科建设。
我校现有的优势学科，如经济、管理、化学等，都与天津历史上的产业与商业发展联系密切。滨海新区的开发开放作为国家战略，不仅为天津，也为南开的发展提供了历史性的机遇。生物技术与现代医药产业是天津市六大支柱产业之一。2006年6月，国家科技部与天津市签署合作协议，在滨海新区共同建设一个集研发、企业孵化、生产贸易为一体的医药产业园区，即“国家生物医药国际创新园”，力争经过5至10年的努力，将该园区建设成为中国最大、世界知名的生物医药创新和产业基地，进而带动环渤海地区和全国医药产业的发展。作为“国家生物医药国际创新园”的核心项目，“天津国际生物医药联合研究院”针对国家生物医药产业发展的需求和薄弱环节，旨在建成国内规模最大、水平最高的医药应用技术研究开发机构。2006年12月19日，“天津国际生物医药联合研究院”在天津经济技术开发区破土动工，南开大学校长饶子和院士被聘为首任院长。
　　滨海新区的六大支柱产业（电子信息、化学工业、汽车和装备制造、现代冶金、生物技术和现代医药、新能源和新材料六大产业集群）与南开的现有学科有着直接的关联，应该说，天津的现代发展，尤其是在21世纪的发展，为南开提供了比近代更高、更为广阔的发展空间。我们要结合天津，尤其是滨海新区现代产业结构的调整与发展，来发展面向现代技术，现代产业的工科。
　　三、加强自身建设，不断提高自主创新能力
　　南开大学主动调整学科结构，加大人才队伍建设的力度，积极适应天津的经济社会发展需要，自主创新能力不断提升。同时结合“211工程”和“985工程”项目的建设，加强科学研究，强化科研团队建设，提高大项目研究的能力，强化学科之间的交叉，推出具有高显示度的高水平科研成果。2006年，饶子和院士获得陈嘉庚生命科学奖和第三世界科学院第里雅斯特科学奖，许京军教授获得第六届“中国青年科学家奖”。
　　体现自主创新能力的一个重要方面就是能够承担国家重大与重要的研究项目。2006年，我校共有115个科研项目获得国家自然科学基金资助，总额3983万元；承担“863计划”重点、专题课题11项，承担“973 计划”项目2项；承担国家重大科学计划2项；承担国家支撑计划2项。化学学院刘育任国家重大科学计划纳米研究项目首席科学家；信息技术科学学院赵颖成为国家973计划“大面积低价长寿命太阳电池关键科学和技术问题的基础研究”项目首席科学家。
　　《国家中长期科学和技术发展规划纲要》将对我国今后相当长时间的科学技术乃至经济社会文化发展产生深远的影响。自主创新是提升科技水平和经济竞争力的关键。作为高水平大学，学校将深入贯彻实施科教兴国战略和人才强国战略，通过学科结构调整和制度创新，凝练创新目标，打造一批高水平的学科，培养和造就一批高素质人才，主动介入到国家创新体系件建设，形成学校为国家和地方经济建设提供全面支撑的基本架构，努力跟踪与赶超国际先进水平。